علم میکروب شناسی پزشکی دانش مطالعه باکتری و شاخهای از دانش میکروبیولوژی است. باکتری شناسی شامل شناسایی، طبقه بندی و بررسی خصوصیات گونههای باکتریایی است.
در این گرایش میکروبهایی که برای انسان بیماری زا هستند و چگونگی فعالیت آنها بررسی می شود. البته این گرایش قسمت کوچکی از علم میکروبیولوژی را به خود اختصاص می دهد چرا که از میان میکروبهای شناخته شده فقط حدود ۱۷۰ نوع میکروب، بیماری زا هستند و بقیه میکروبها تاکنون شناخته شده اند، میکروبهایی مفید می باشند.